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微波杀菌有很多优点，但若不能全面地掌握它的特性，则很难获得较好的杀菌效果。欲提高影响微波杀菌效果，必须分析其主要影响因素。微波杀菌效果的主要影响因素有以下几个方面：
1、食品中的微生物状态——食品中的细菌和霉菌在湿润状态下比较容易被杀死，但是，干燥状态下的孢子或芽孢具有极强的生命力，因此微波照射时，尽可能在水分多的状态下进行。特别是对于干燥物料，在水分还未挥发失去的后阶段进行微波照射，可以同时达到杀菌和产品均匀性的目的，如在干燥结束之后再照射，则其微波杀菌的效果会较小。
2、微波加热过程的均匀性——欲想达到预期微波杀菌的效果，必须设计合适的配件，使被加工产品处于均匀的微波场中。由于各种产品形状不同，通常很难均匀加热，此时必须事前进行深入研究，设计出能使产品加热均匀的方法和配件，这是进行均匀加热的要点。
3、食品包装材料或加热容器中的金属—— 由于微波在金属表面会产生反射现象，金属具有屏蔽作用。因此，当物体中含部分金属时，在金属的背面处就不能加热。而且电场会集中在细小的金属片以及其尖税和有棱角的部分，在其附近产生过热的放电现象，因此必须十分注意。特别是对包装后的产品微波照射时，包装材料上金属印刷部分也会产生同样的问题，应尽量避免这种包装和印刷。
4、负载的匹配——为了使来自电源振荡器的微波功率被负载充分利用，电源回路部分的阻抗必须和负载的阻抗相匹配。当匹配不充分时，部分微波被反射返回电源一侧，显著降低了加热效率。因此，必须用功率测定仪测定反射功率，并调节控制使反射量为最小。
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微波杀菌效果的影响因素

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